Francisco José de Goya y Lucientes est mort dans la nuit du 15 au 16 avril 1828 à Bordeaux où il vivait en exil depuis 1824, fuyant l’absolutisme de Fernando VII. Ses obsèques eurent lieu à l’église Notre-Dame et il est enterré au cimetière de la Chartreuse. En 1899, sur demande du gouvernement espagnol, ses restes ont été transférés à l’ermitage de San Antonio de la Florida à Madrid. C’est à l’occasion de ce transfert que l’on se rendit compte que le crâne avait disparu. Dans l'acte d'exhumation de l'Académie de Bordeaux, on peut lire: "La tête de Goya avait disparu, une main sacrilège l'aurait-elle subtilisée? Où? Quand et comment?" Une hypothèse généralement admise est que Goya aurait offert son crâne à un ami médecin bordelais qui pratiquait la phrénologie fort à la mode dans ces années-là. On pense que le crâne de l’artiste, une fois terminée son exploration, a dû rester sur une étagère de l’Université. Alors que le 17 avril 1928, on célébrait à Saragosse le centenaire de la mort de Goya, un universitaire annonça qu’on avait découvert un petit tableau du peintre espagnol Fierros, au dos duquel on pouvait lire "Crâne de Goya - 1849". On raconte même que le fils de Fierros, étudiant en médecine, l'aurait brisé au cours de ses expériences. Ce qui n’explique cependant pas comment le crâne aurait pu être subtilisé.
La dernière fois qu’on l’a vu, c’était en 1955 à Bordeaux, au marché aux puces de la place Meriadeck qui n’existe plus. Il semble que le crâne serait arrivé au café situé en face de l’Université. En 1955, l’établissement ferme. Aujourd’hui, tout a été détruit, mais selon le journaliste Jacques Rouhaud, le crâne du peintre "doit être toujours là, quelque part, vraisemblablement dans le quartier des Capucins. Ce serait formidable d’arriver à le retrouver. Le nom de Goya doit y être écrit à l’encre noire".